如发现问题或需要进一步查证的情况，税务机关会要求纳税人提供额外的证明材料或进行现场核实。值得注意的是，个人所得税专项附加扣除的退税是在年度汇算清缴时进行的，一般为每年的3月至6月期间。退税金额将根据实际的扣除项目和金额确定，具体退税流程和时间可能会因地区和个人情况而有所不同。
个人所得税专项附加扣除的退税流程如下：
1. 申报扣除：在每年的个人所得税年度汇算清缴时，纳税人需要通过填写相应的申报表格申报专项附加扣除。在填写申报表格时，需提供相关的证明材料和凭证，如住房租金发票、教育费用发票等。
2. 审核核实：税务机关会对纳税人提交的申报表格和相关凭证进行审核核实。如发现问题或需要进一步查证的情况，税务机关会要求纳税人提供额外的证明材料或进行现场核实。
3. 退税确认：税务机关审核无误后，会确认纳税人的退税额度，并进行退税操作。通常情况下，退税额度会在一定时间内退回纳税人的个人银行账户。
值得注意的是，个人所得税专项附加扣除的退税是在年度汇算清缴时进行的，一般为每年的3月至6月期间。退税金额将根据实际的扣除项目和金额确定，具体退税流程和时间可能会因地区和个人情况而有所不同。因此，建议纳税人在纳税前咨询当地税务机关了解具体的退税流程和要求。