如果有应退税款的情况，也需要同时办理退税手续。
一般纳税人年度汇算清缴操作步骤如下：
1. 填写申报表格：根据国家税务局规定的要求，填写扣缴义务人年度所得信息汇总表和纳税申报表。
2. 清算营业税：按照年度汇算清缴的要求，计算并清缴营业税。如果有应退税款的情况，也需要同时办理退税手续。
3. 缴纳所得税：根据年度汇算的所得情况，计算并缴纳相应的所得税。一般纳税人可以选择一次性缴纳或分期缴纳。
4. 缴纳其他税费：根据企业具体情况，可能还需要缴纳其他税费，如城市维护建设税、教育费附加等。
5. 填写申报表：将填写好的申报表格和相关材料一并提交到所属税务机关。
6. 审核与缴款：税务机关会对申报表格进行审核，如有问题会要求补正，并在通过审核后通知纳税人缴纳税款。
7. 缴纳税款：根据通知书上的要求，及时缴纳相应的税款。
需要注意的是，具体的操作流程可能会因地区和企业情况而有所变化，建议咨询所属税务机关或专业税务顾问，获取最准确的操作指引。