根据提供的信息，杭州海关在某个行李箱中查获巨款。然而，最后的决定是杭州海关放行，也就是说他们决定让这笔巨款继续流通。关于为什么会这样决定，我们无法给出确切的答案，需要进一步了解详细情况和相关政策才能提供更准确的解释。这种情况通常是由于当事人能够提供合法的证明文件或解释该款项的来源合法以及有合理的用途。同时，海关也可能会进行相应的调查和审核，以确保资金来源合法。
根据提供的信息，杭州海关在某个行李箱中查获巨款。然而，最后的决定是杭州海关放行，也就是说他们决定让这笔巨款继续流通。关于为什么会这样决定，我们无法给出确切的答案，需要进一步了解详细情况和相关政策才能提供更准确的解释。这种情况通常是由于当事人能够提供合法的证明文件或解释该款项的来源合法以及有合理的用途。同时，海关也可能会进行相应的调查和审核，以确保资金来源合法。