如果她对与老板同吃同住感到不适或不舒服，可以表达自己的想法。可以提出自己的疑虑或不适，并寻求合理的解决方案。比如住在附近的酒店、公寓或者公司提供的宿舍。最重要的是，女助理要明确和坚守自己的边界，并在尊重和保护自己的前提下与经理进行沟通和寻求合理的解决方案。
这种情况下，女助理可以根据自身情况和公司规定来做出决定。以下是一些建议：
1. 了解公司政策：先去了解一下公司是否有类似的政策或指导准则，以便知道是否有规定禁止或允许这种安排。
2. 考虑个人感觉：女助理可以先考虑自己对这种安排的感受。如果她对与老板同吃同住感到不适或不舒服，可以表达自己的想法。
3. 沟通和边界：女助理可以与经理进行沟通，明确自己的底线和边界。可以提出自己的疑虑或不适，并寻求合理的解决方案。
4. 提供替代方案：如果女助理不想与经理同吃同住，可以提出其他合理的替代方案。比如住在附近的酒店、公寓或者公司提供的宿舍。
5. 寻求支持：女助理可以咨询HR部门或同事的建议，了解公司在这方面的政策和态度。
最重要的是，女助理要明确和坚守自己的边界，并在尊重和保护自己的前提下与经理进行沟通和寻求合理的解决方案。